Utena Tenjô es estudiante del Instituto Ohtori y viste con un uniforme diferente a las otras chicas, parecido a la de los chicos. Viste así por que quiere convertirse en un príncipe, como el que la consoló cuando perdió a sus padres en un accidente. Su príncipe le dio un extraño anillo que tenia una rosa, para que lo recordara. Utena tenia mucho éxito entre los chicos y las chicas.

Wakaba Shinohara es su mejor amiga. Todo comienza cuando aparece una carta de amor de Wakaba para Saionji en modo de burla, esto hace que Utena se enfade, así que reta a Saionji a un duelo de espadas.

Él ve el anillo de Utena y le dice que se verán en el Coliseo de los Duelos (al cual solo se puede entrar teniendo el sello de la rosa, el anillo que tiene una rosa). Allí se encuentra con Anthy Himemiya (la Novia de la Rosa), Utena recuerda haberla visto en el Jardín de las Rosas, Saionji le pegaba a Anthy. Anthy les coloca una rosa a cada uno (la de Utena es blanca) la idea es que el primero que deshoje la rosa de su contrincante es el vencedor. Utena gana y su premio es Anthy quien ahora pasa a ser su prometida.

De ahí en adelante comienzan una serie de duelos por la Novia de la Rosa, todos los del consejo de estudiantes (son un grupo de alumnos que llevan a cabo lo que les indica El Fin del Mundo, para encontrar el elegido que tendrá el poder para revolucionar el mundo, es quien gane a todos los duelistas y se quede con la Novia de la Rosa y pueda hacer la revolución) se enfrentan a Utena.

Los del Consejo de Estudiantes son: Kyoichi Saionji, Jury Arisugawa, Miki Kaoru, Touga Kiriu (el presidente del Consejo de Estudiantes) y su hermana menor Nanami Kiriu (cuando sustituye a su hermano).

Utena se enfrenta a Saionji nuevamente y vuelve a ganar. Luego pelea con Miki y Utena vence de nuevo. Luego le toca con Jury, quien también es derrotada, pero en esta ocasión Utena necesita la ayuda de Dios (es el príncipe que fue encerrado, por su hermana bruja Anthy para salvarle la vida, en el castillo que esta sobre el Coliseo de los Duelos) que la posee y gana. Entonces Touga le da a su hermana uno de los anillos para que luche contra Utena, lo hace y también pierde. El único que falta en Touga quien comienza a darle a entender a Utena que él es su príncipe, en el duelo vence Touga. Utena queda en shock y se deprime mucho, comienza comportarse como una chica normal (lo cual es anormal para ella). Pero gracias a Wakaba y a los recuerdos de Anthy se recupera y reta a Touga a duelo; y nuevamente gracias a la ayuda de Dios vence a Touga y recupera a Anthy. Después de eso Touga cae en depresión y deja de ir a las reuniones del Consejo de Estudiantes, ahí es donde lo reemplaza Nanami.

Aquí termina la primera saga de la serie, la de los duelistas. Luego empieza la de La Rosa Negra y aparecen nuevos personajes: Akio (el hermano de Anthy, que luego se sabrá que es El Fin del Mundo), Mamiya y Mikage. Utena se batirá a duelo con: Kanae Ohtori (prometida de Akio), Wakaba Shinohara (que saca la espada de Saionji, a quien expulsan del instituto), Kozue Kaoru  (hermana gemela de Miki, del cual saca su espada), Shiori Takatsuki (quien esta enamorada de Jury, de la que saca su espada), Mitsuru Tsuwabuki (el niño que esta enamorado de Nanami, de quien saca su espada), Keiko Sonoda (una de las chicas que siempre esta con Nanami, pero que en realidad la odia y esta enamorada de Touga y saca la espada de él) y al final Mikage, al que también vencerá. Al final resulta que Mikage nunca existió y Mamiya es en realidad Anthy y todo esto lo a planeado Akio.

Ahora viene la saga de Akio, donde Utena se bate con Ruka (Luca) Tsuchiwa y con todos los duelistas de la primera saga en el mismo orden. Todos los duelistas se baten con Utena después de que Akio y Touga; y en todos los duelos son acompañados por la persona que mas quieren o con la que mas relación tienen con ellos. Después de varios capítulos se insinúa que Anthy esta teniendo relaciones con su hermano Akio, mientras que él y Utena sales juntos.

Después de que Utena ha derrotado a todo el mundo comienza la "Saga del Apocalipsis". Esta ultima saga se centra en la relación entre Utena y Anthy (que ha pasado de una amistad a amor). En los últimos dos episodios Utena se enfrenta al Fin del Mundo (Akio); en este duelo parece que Utena pierde por que nunca podrá ser el príncipe que salva a Anthy de su maldición, por ser una chica, una princesa. Anthy le entierra una espada por que se da cuenta que Utena no es su príncipe, pero gracias Dios que ahora aparece frente a Utena y logra darle confianza Utena sigue sin rendirse.

Así que logra acercarse donde esta Anthy (encerrada en un ataúd cubierto de rosas con espinas) quien sufre su castigo por encerrar al príncipe, Utena logra abrir el ataúd y junta sus manos con las manos de Anthy. En ese momento todo comienza a derrumbarse, a Utena se le pierde la mano de Anthy cuando su ataúd se derrumba, y las espadas que Anthy tenia clavadas se sueltan y se van en contra de Utena. Aparece el Instituto Ohtori y nadie, incluso Wakaba recuerda a Utena (quien después de eso se marchó). Entonces Anthy le dice a Akio (que esta planeando una revolución, por que cree que Utena no revolucionó el mundo) que no sabe nada que la Revolución si ocurrió pero no se daba cuenta por que estaba encerrado en ese mundo. Así que con Chu-chú, una maleta, el pelo suelto y un vestido distinto se va en busca de Utena, quien la espera para compartir sus vidas por siempre.